فرهاد رهبر به عنوان نفر اول ستاد انتخاباتی سید ابراهیم رئیسی فعالیت می کند. او از سالها قبل در حلقه اصلی تیم رئیس قوه قضاییه حضور داشته و جزو نزدیکان رئیسی به شمار میآید. زمزمه رئیس ستاد شدنش در اردوگاه انتخاباتی رئیسی از چند ماه قبل شنیده میشد.
فرهاد رهبر از وقتی نامش خیلی بر سر زبانها افتاد که رئیس دانشگاه تهران در دولت دوم احمدینژاد شد. محمود احمدینژاد، اواخر اسفند ۹۱ در نامهای به کامران دانشجو وزیر وقت علوم، خواستار برکناری فرهاد رهبر شد. احمدینژاد او را متهم کرد که در اداره دانشگاه تهران رویکردی «سیاستزده، غیر علمی و احیاناً امنیتی» داشته است. البته وزیر علوم احمدینژاد هرگز دستور رئیس خود را اجرا نکرد.
فرهاد رهبر در حاشیه انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۶ ، یک بار دیگر خبرساز شد. آن جا که او به همراه رئیسی به وزارت کشور رفت تا او به عنوان کاندیدا در انتخابات ریاست جمهوری ثبت نام کند. البته این حضور و همراهی با انتقادات شدیدی مواجه شد. زیرا فرهاد رهبر عضو هیات نظارت بر انتخابات بود و طبق قانون حق فعالیت در ستاد یک نامزد را نداشت. در واکنش به این انتقاد قانونی، اعلام شد که رهبر قبل از رفتن به ستاد انتخاباتی رئیسی، از مسئولیت خود استعفا داده است.
فرهاد رهبر در سال ۹۴ که رئیسی به عنوان تولیت آستان قدس رضوی برگزیده شد، به عنوان مشاور اقتصادی، به همکاری نزدیک خود با رئیسی ادامه داد.
پس از درگذشت آیت الله هاشمی رفسنجانی و حضور علی اکبر ولایتی در سمت رئیس هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی، فرهاد رهبر تیرماه ۹۶ به عنوان رئیس دانشگاه آزاد برگزیده شد . البته عمر حضور او در این دانشگاه به خاطر اختلافات شدیدی که با ولایتی داشت، کوتاه بود و یک سال بیشتر دوام نداشت.
حالا با نزدیک شدن انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ و جدیبودن نامزدی رئیسی، فرهادرهبر همچون سال ۹۶ در ستاد انتخاباتی او حضور دارد . گفته می شود در صورت راهیابی رئیس قوه قضاییه به پاستور، رهبر به عنوان معاون اول رئیسی مشغول به کار خواهد شد.